A autuação foi feita devido à alegação da Receita de que a Rio do Norte distribuiu aos sócios em 1999, por meio de uma redução de capital, R$ 118 milhões acumulados pela empresa devido a benefícios fiscais concedidos pela extinta Superintendência de Desenvolvimento da Amazônia (Sudam). Os recursos seriam oriundos da isenção do Imposto de Renda (IR) e Contribuição Sobre o Lucro Líquido (CSLL) pelo período de dez anos, entre 1974 e 1984. Pela legislação da Sudam, esses recursos nunca poderiam sair do caixa da empresa. Para a Fazenda, a empresa deve devolver os recursos distribuídos aos sócios aos cofres públicos, com incidência de multa mais juros e correção monetária, que ao longo de seis anos levaram a cobrança ao valor atual de R$ 440 milhões.

Em maio de 2003, para suspender a exigibilidade do crédito, a mineradora foi obrigada a fazer um aporte de R$ 316 milhões em depósitos judiciais, que vêm sendo complementados desde então. Segundo o relatório da empresa de 2003, devido às boas chances de êxito na disputa, não foi feito provisionamento para perdas, e os depósitos foram considerados um ativo exigível a longo prazo.

Segundo o advogado da Rio do Norte no caso, Luiz Carlos Piva, a autuação da Receita foi equivocada, e mesmo se confirmado o entendimento no TRF, ele deverá levar o caso ao Superior Tribunal de Justiça (STJ). De acordo com ele, a redução de capital realizada pela empresa em 1999 não atingiu a parcela dos ativos da companhia correspondente aos benefícios da Sudam. A composição do capital da empresa em 1999, em números aproximados, era de R$ 500 milhões – divididos entre R$ 200 milhões de aportes feitos pelos próprios sócios e em R$ 300 milhões de benefícios fiscais acumulados. Assim, diz Carlos Piva, a redução de R$ 118 milhões não atingiu a parcela do benefício fiscal. Ele diz que a operação foi devidamente aprovada pela Sudam e pela Agência de Desenvolvimento da Amazônia (ADA), que sucedeu a Sudam em 2001, depois de sua extinção.